Taxonomie virale
Les virus IA font partie de l'espèce « influenza A virus » (ou virus influenza A) dans le genre « Alphainfluenza »
, au sein de la famille des Orthomyxoviridae. On compte quatre types d'Influenza virus, seuls les types A et B peuvent être très pathogènes pour les Humains (le type C est relativement bénins et affecte les enfants).
Les virus de la famille des « Orthomyxoviridae »
ont un génome constitué d'ARN de polarité négatif et segmenté. Les virus influenza A ont un génome constitué de huit segments codants chacun pour une ou plusieurs protéines. La particule virale est enveloppée et contient deux protéines virales principales insérées dans la bicouche lipidique : l'hémagglutinine (HA) et la neuraminidase (NA). On trouve également d’autres protéines structurales, telle que la nucléoprotéine qui recouvre l’ARN viral et qui s’associe à la protéine M1, et la protéine M2 qui est enchâssée dans la membrane du virus.
La fixation de la protéine HA aux récepteurs viraux permet l'endocytose du virus et l'entrée du virus par fusion de l'enveloppe virale avec la membrane de l'endosome. Pour que la fusion se produise, la protéine HA doit être préalablement clivée par des enzymes de l’hôte, ce qui a des conséquences importantes en termes de tropisme.[2] Les récepteurs viraux sont des acides sialiques, glucides ajoutés sur les protéines cellulaires par la machinerie cellulaire de maturation protéique post-traductionnelle.
La protéine NA possède une activité enzymatique permettant le clivage des acides sialiques et la libération des particules virales nouvellement formées lors du bourgeonnement du virus de la cellule infectée.
Cycle viral simplifié de la réplication des virus Influenza. Après reconnaissance du récepteur (acides sialiques), le virus pénètre dans la cellule par endocytose. Le génome est répliqué dans le noyau, puis les nouvelles particules virales s'assemblent et sont transportées à la surface de la cellule où la neuraminidase permet la libération des particules par le clivage des acides sialiques.