L'influenza aviaire

L'influenza aviaire (IA) est une maladie infectieuse, très contagieuse, causée chez les oiseaux par des virus de la famille des « Orthomyxoviridae », genre « Alphainfluenzavirus » (espèce influenza A virus).

L'IA se définit par son polymorphisme clinique, qui dépend, d'une part, des caractéristiques de la souche virale, notamment de son pouvoir pathogène, d'autre part, du degré de sensibilité des espèces aviaires infectées. Elle peut se manifester sous la forme d'épizooties associant une vitesse d'évolution rapide à une forte mortalité (« Peste aviaire »), mais également sous forme de foyers de gravité plus modérée et d'évolution plus lente. Ainsi, on distingue classiquement IA hautement pathogène (IAHP) et IA faiblement pathogène (IAFP).

Cette maladie peut entraîner des pertes considérables, en raison des dégâts causés par la maladie elle-même (mortalité pouvant atteindre 90-100% en 48h) auxquels s'ajoutent les mesures mises en œuvre pour lutter contre la propagation de la maladie, incluant un possible embargo commercial vis-à-vis des produits issus de l'élevage de volaille, et ce à l'échelle d'un pays entier.

Enfin, si la plupart des souches d'IA circulant chez les oiseaux sont mal adaptées à la multiplication chez l'humain, certaines peuvent néanmoins se révéler zoonotiques. Les cas d'infections humaines par ces virus sont qualifiés de « grippe aviaire^[1] ». Ils sont le plus souvent bénins et ne se transmettent pas d'humain à humain. Dans de rares cas, l'infection peut se traduire par une atteinte plus grave, voire mortelle, des individus affectés. Le danger principal réside dans la capacité d'évolution des virus influenza A permettant aux virus d'origine aviaire de s'adapter à une nouvelle espèce et d'entraîner des conséquences épidémiques imprévisibles.

En France, cinq épizooties dues à des souches hautement pathogènes (HP) ont été décrites dans les 15 dernières années :

• La première s'est déroulée entre 2006 et 2007, dans deux foyers affectant l’avifaune sauvage (cas recensés notamment sur des fuligules milouins et des cygnes), l’un d’eux, dans les Dombes (Ain), ayant été associé à l’atteinte d’un élevage de dindes de chair.

• La deuxième correspond à l’isolement de différentes souches d'IAHP, de novembre 2015 à juillet 2016, dans des élevages de canards prêts à gaver (PAG) (et de poules ou pintades situés à proximité des élevages de canards) du sud-ouest. L’origine de ces souches virales a été attribuée à la mutation en virus HP d’un virus H5 faiblement pathogène (FP) qui circulait chez les canards et à de multiples réassortiments expliquant la diversité des neuraminidases (N1, N2 et N9) identifiées.

• La troisième, qui a débuté fin novembre 2016, fait suite à l’introduction en France, par des anatidés migrateurs, d’un virus H5N8 HP, responsable par ailleurs de nombreux foyers recensés dans l’avifaune sauvage et domestique dans plusieurs pays européens. Le bilan de l’épizootie a été de 485 foyers H5N8 recensés dans les élevages, notamment des élevages de canards (80 % des cas) dans le Sud-ouest (diffusion entre élevages), 52 dans la faune sauvage et 3 dans la faune captive. Le dernier foyer d'IAHP déclaré en élevage de volailles date du 28 mars 2017.

• La quatrième a débuté mi-novembre 2020 à la suite de l’introduction d’un virus H5N8 HP, probablement à partir d’oiseaux sauvages migrateurs. Ce virus a été responsable de nombreux foyers dans les élevages de volailles et dans la faune sauvage en Europe. En France, au 3 mai 2021, 492 foyers H5N8 HP ont été confirmés dans les élevages, essentiellement de canards. 475 élevages ont été atteints dans le Sud-ouest, 17 foyers hors Sud-ouest. De plus, 20 cas ont été confirmés dans le faune sauvage et 1 cas dans le faune captive. Le dernier foyer en élevage a été notifié le 29/04/2021.

• La cinquième, qui s’est étalée du 26 novembre 2021 au 15 mai 2022, a été causée (dans plus de 95 % des cas) par un virus H5N1. 1386 foyers ont été recensés dans les élevages de volailles, 26 dans des basses-cours et 54 cas ont été confirmés dans l'avifaune sauvage ou captive. Particulièrement intense dans les élevages de Nouvelle Aquitaine, les pays de Loire et du centre ouest, elle a entraîné l’élimination de 16 millions de volailles (11 millions dans le Grand Ouest).

• L'épizootie causée par des virus H5N1 qui sévit depuis mai 2022 est d'une ampleur sans précédent en Europe par le nombre de foyers identifiés et par la diversité des espèces d'oiseaux atteintes, à l'origine notamment d'une très grande mortalité des oiseaux sauvages. Plusieurs génotypes de virus H5N1 circulent en Europe et cette diversité de génotypes contribue probablement à la capacité de ces virus à infecter de très nombreuses espèces à persister dans un territoire.