Les signes cliniques de FA sont souvent discrets et peuvent passer inaperçus. Les lésions podales conduisent généralement à des boiteries unilatérales, mais ces lésions peuvent être transitoires et guérir rapidement, ou au contraire se surinfecter ce qui peut compliquer le diagnostic. L'apparition de boiteries sur plusieurs animaux dans un intervalle de temps très court est évocatrice de FA.

Des avortements et des mortinatalités peuvent également être observés.