Les signes cliniques de la FA sont assez marqués chez les bovins, avec, lors de la période virémique et fébrile initiale qui peut durer 2 à 3 jours, des signes généraux (abattement, anorexie, irrégularité de la rumination, prostration). Chez les vaches laitières, la diminution de la production laitière apparaît souvent avant les autres signes cliniques.

La salivation est souvent abondante (ptyalisme) et filante, et peut être accompagnée des grincements voire claquements de dents, de difficultés à la préhension et à la mastication, en raison des douleurs buccales.

Des boiteries peuvent être observées, qui se manifestent par des piétinements sur place et une extrême sensibilité à l'appui ou à la pression.

Des réticences à la traite ou à la tétée par les veaux sont parfois décrites.

La FA n'est pas mortelle chez les bovins adultes (la guérison locale par cicatrisation des lésions et le rétablissement des fonctions digestives et de la production laitière a lieu en 8 à 15 jours environ, sauf complication). Des décès peuvent être observés chez les veaux, suite au développement d'une myocardite liée au tropisme cardiaque de certaines souches. L'hyperthermie peut parfois provoquer des avortements.

Les signes cliniques fonctionnels observés sont liés à la localisation préférentielle des lésions (vésicules et ulcères) :

• bouche (muqueuses buccales, face interne des lèvres et des joues, gencives, langue, palais),

• pied (espaces interdigités et couronne),

• mamelle (trayons et orifice du canal galactophore).

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