Le recours à la vaccination à titre préventif contre la FA se justifie dans les régions où le virus circule. Elle est généralement associée à des mesures sanitaires.

La vaccination permet de protéger cliniquement les animaux vaccinés contre la maladie mais pas totalement contre l'infection. Des animaux vaccinés peuvent être infectés par un virus sauvage et devenir porteurs au niveau de l'oropharynx : ce portage peut perdurer plusieurs mois et favoriser la persistance du virus dans les populations et sa diffusion.

La vaccination contribue bien à réduire les impacts sanitaires et économiques de la maladie, en réduisant le nombre de foyers dans les zones où circule le virus. Cependant, l'absence de cas cliniques de FA dans des troupeaux vaccinés ne permet en aucun cas d'affirmer l'absence de circulation du virus sauvage au sein des troupeaux. Ceci est à l'origine de la méfiance des pays indemnes et ne vaccinant pas contre la FA, vis-à-vis des pays dits indemnes mais utilisant la vaccination.

Dans les pays indemnes de FA ne pratiquant pas la vaccination préventive (pays de l'UE par exemple depuis 1992), si des foyers de FA sont détectés et qu'il est difficile de maîtriser l'épizootie à l'aide de mesures sanitaires exclusivement, il est possible d'avoir recours à la vaccination d'urgence après consultation de la commission européenne et avis du comité de lutte contre les épizooties.

Cette vaccination est réalisée parallèlement aux abattages sanitaires sur les animaux des zones où il est urgent de réduire la quantité de virus émise et d'éviter sa diffusion.

Les vaccins utilisés sont des vaccins à virus inactivés et adjuvés. Le choix des souches à introduire dans le vaccin est capital. En effet, les préparations vaccinales utilisées doivent contenir les types et sous-types viraux permettant une protection vis-à-vis des souches sauvages circulant dans le pays (ou la région) dans lequel les animaux sont présents.

Le processus de purification utilisé pour les vaccins dits purifiés garantit l'absence de multiplication du virus vaccinal et par conséquence l'absence de production d'anticorps dirigés contre les protéines non structurales. Un animal vacciné avec un vaccin purifié présentera donc uniquement des anticorps dirigés contre les protéines structurales de capside. Ainsi, les tests sérologiques permettant de différencier les anticorps dirigés contre les protéines structurales et les anticorps dirigés contre les protéines non structurales permettent de différencier les animaux vaccinés des animaux infectés naturellement.

Suite à la vaccination, l'immunité apparait vers le 4 -6ème jour chez les bovins et est maximale vers le 15ème- 20ème jour. Chez les porcins, cette immunité est plus lente à s'installer.

La durée d'immunité induite par la vaccination est courte. Elle est inférieure à une année, ce qui nécessite des vaccinations répétées dans le cadre de la vaccination préventive.