La HA est la cible principale des anticorps induits lors de la vaccination et il existe un degré de protection croisée variable entre des virus appartenant au même sous-type HA. De plus, les anticorps dirigés contre HA peuvent être détectés par des analyses sérologiques et permettent de détecter les individus ayant été vaccinés ou ayant été infectés. La réponse sérologique anti-HA est spécifique de sous-type. Ainsi, un animal ayant été infecté par un virus de sous-type H5 possédera des anticorps anti-H5 détectables par des tests sérologiques utilisés lors des enquêtes épidémiologiques.