La polymérase virale va faire des erreurs qui vont conduire à introduire des nucléotides correspondant à des codons codant pour des acides aminés basiques dans la séquence génétique codant pour le site de clivage de HA. L'introduction de codons codant pour des acides aminés basiques peut être due à des substitutions nucléotidiques, des insertions nucléotidiques et des changements de matrice. Ce dernier mécanisme peut conduire à l'introduction d'un fragment de séquence d'un autre ARN viral ou d'un ARN cellulaire dans la séquence codant pour le site de clivage HA.